仲裁协议的异议，在实践中主要是两种情形，一是对仲裁协议是否存在有异议。如果仲裁协议不存在，那么当然就无效力可言。所以，当仲裁协议存在于往来的函电中的时候，双方当事人往往就仲裁协议是否存在各执一词，一方认为协议已经达成，而另一方则认为没有达成仲裁协议。二是对仲裁协议是否有效存在异议。即双方对仲裁协议的客观存在都予以承认，但一方认为仲裁协议不符合有效要件，是无效的，另一方则认为仲裁协议合法有效。
根据《中华人民共和国仲裁法》，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国仲裁法>若干问题的解释》以及《北京仲裁委员会规则》的规定，当事人对仲裁协议的效力提出异议，应该符合以下条件：
第一、须由当事人自己提出异议。仲裁协议事关当事人对诉权的处理，其效力牵涉到当事人的重大利益，故对仲裁协议的异议须由当事人自己提出。当事人一方对仲裁协议有异议的，由一方提出；双方当事人对仲裁协议均有异议的，双方均可以提出。当事人还可以依法授权其法定代理人提出异议。除此之外，非当事人、仲裁委员会等都不能对仲裁协议提出异议。
第二、须由当事人向仲裁委员会或者人民法院提出。当事人可以向仲裁委员会提出异议，也可以向人民法院提出异议。主要原因在于：仲裁协议是合同的一种，它的效力只能由享有合同确认权的机构来确认。依照我国的法律，只有人民法院和仲裁委员会享有合同效力的确认权；而仲裁协议的有效与否，关系到仲裁委员会的管辖权问题，所以，仲裁庭对仲裁协议的效力应当与确认权；人民法院作为国家的司法机关，有权依法对仲裁加以审查和监督，所以人民法院对仲裁协议的效力有权进行确认，但是人民法院对仲裁协议效力的确认权是被动的，即只能依当事人的申请。根据司法解释，可以向以下法院提出异议。当事人向人民法院申请确认仲裁协议效力的案件，由仲裁协议约定的仲裁机构所在地的中级人民法院管辖；仲裁协议约定的仲裁机构不明确的，由仲裁协议签订地或者被申请人住所地的中级人民法院管辖。申请确认涉外仲裁协议效力的案件，由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人或者被申请人住所地的中级人民法院管辖。涉及海事海商纠纷仲裁协议效力的案件，由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人或者被申请人住所地的海事法院管辖；上述地点没有海事法院的，由就近的海事法院管辖。如果当事人仲裁委员会提出异议，也向人民法院提出异议，仲裁法明确规定，应由人民法院进行裁定。如果仲裁委员会和人民法院已经就同一仲裁协议的效力做了不同的决定和裁定，应以人民法院的裁定为准。
第三、应当在仲裁庭首次开庭前提出。依照仲裁法和民事诉讼法的规定，如果仲裁协议无效，将导致仲裁裁决被法院撤销或不予执行。因此，对仲裁协议效力的异议必须在仲裁庭首次开庭前提出。同时，最高法院司法解释中规定下列情况下人民法院不受理当事人提出的对仲裁协议效力的异议：当事人在仲裁庭首次开庭前没有对仲裁协议的效力提出异议，而后向人民法院申请确认仲裁协议无效的，人民法院不予受理；仲裁机构对仲裁协议的效力作出决定后，当事人向人民法院申请确认仲裁协议效力或者申请撤销仲裁机构的决定的，人民法院不予受理。此外，《北京仲裁委员会仲裁规则》中还规定：书面审理的，应当在首次答辩期限届满前以书面形式提出。
当事人没有按照规定提出异议的后果就是，视为其承认仲裁委员会对仲裁案件的管辖权。
